¿El impuesto irá incluido al momento de pagar en la aplicación?

Sí, pero solo en aquellas plataformas que estén inscritas en el Servicio de Impuestos Internos. Si el marketplace donde realizas la compra no lo está, el impuesto se cobrará al momento de la importación y será gestionado por la empresa de envío rápido (courier) o postal (Correos de Chile).

Revisa regularmente la página del SII para saber cuáles con las empresas inscritas: